Внутренние авиарейсы осуществляются 5 раз в день между Баку и анклавом Нахичевань. Стоимость перелета для иностранцев составляет $120 в одну сторону. Кроме того, внутренние рейсы включают линию Баку - Гянджа ($60 в одну строну) и Гянджа - Нахичевань ($70). Несколько раз в неделю выполняются рейсы Баку - Ленкорань ($60 в одну сторону) и трижды в неделю Закатала - Баку ($70). Примечательно, что на сайте авиакомпании Azerbaijan Airlines можно купить билеты только на перелеты между Баку и Гянджей, что же касается других направлений внутри страны - билеты продаются исключительно в авиакассах.