Внутренние авиарейсы осуществляются авиакомпаниями Air Livonia и Avies из аэропорта Таллин в Кюрессааре (остров Сарремаа) и Кярдла (остров Хийумаа). По данным направлениям имеется 3-4 ежедневных рейса, время в полете – 45 минут. Имеются авиарейсы из Кюрессааре в Кярдлу, и из Кюрессааре в Пярну с посадкой на острове Рухну. Стоимость внутренних перелетов невысока и соответствует $20-25 в одну сторону.