В стране довольно немного природоохранных зон, но зато каждая из них поистине уникальна. Национальные парки Тикаль, Рио-Дульче, Киригуа и Атитлан не только занимаются охраной природных комплексов, но и хранят на своей территории огромное количество исторических памятников, оставшихся от древних культур доколумбовой Америки. Создаваемый при поддержке международного сообщества Экологический парк рифов Саподилья обещает стать одним из лучших морских заповедников западного полушария. Заповедник Челема поддерживает выживание национального символа страны - птицы кетцаль. А последние участки реликтовых центральноамериканских дождевых лесов можно обнаружить в заповеднике Биотопо-Марио-Дари-Ресерва, известном также как Ресерва-де-Кетцалес, южнее города Кобан. Заповедник Чокон-Мачакас охраняет систему рек и озер влажных тропических лесов и мангровых зарослей близ Ливингстона. А биосферный заповедника Маян в северной части Гватемалы охватывает обширные площади влажных горных лесов.