Из-за сложного рельефа авиаперевозки необходимы в небольшой по площади Киргизии. Рейсы выполняются из аэропорта Манас города Бишкек в Ош (4 раза в день), Джалал-Абад (2 раза в день), Баткен (2 раза в неделю), Казарман (3 раза в неделю) и Кербен (1 раз в неделю). В летний период выполняются рейсы из Бишкека в Каракол в восточной части страны, неподалеку от озера Иссык-Куль.