Несмотря на довольно специфические природно-климатические условия региона, правительство Пакистана поддерживает целую сеть национальных парков и заповедников. К наиболее известным из них относятся нацпарк Айюба в западном Кашмире, национальный парк Киртхар к северо-востоку от Карачи (один из четырех парков страны, включенных в Объединенный национальный список охраняемых зон, площадь 3000 кв. км), заповедник заболоченных земель и историко-культурный парк Салт-Рейндж в северном Пенджабе, мангровые леса и черепаховые пляжи Хок-Бей и Сендспит около Карачи, район Великих озер (Халеджи, Кинджхар и др.) северо-восточнее Карачи, среда обитания гималайского бурого медведя - национальный парк плато Деосаи (32 км к югу от Скарду), а также нижнее течение Инда, где обитает уникальный слепой дельфин.