Подавляющая часть населения автономии – мусульмане суннитского толка. Около 10% составляют христиане, проживающие преимущественно в Вифлееме, Бейт-Сахуре и Рамалле. Большая христианская община существует в деревне Абуд, в западной части Самарии. Есть небольшие группы бедуинов и черкесов. Израильские поселенцы, составляющие примерно 5% общего населения палестинских территорий, исповедуют иудаизм.