Умеренный, резко континентальный, сухой. Январские температуры в долинах колеблются от 0 С до +2 С, в высокогорьях опускаются до -27 C, июльские температуры в долинах колеблются от +23 С до +30 C, в горах - от +4 С до +15 С. Осадков на равнинах выпадает от 70 мм. на Восточном Памире до 1600 мм. на южных склонах Гиссарского хребта (до 3000 мм. в высокогорьях). Максимум осадков приходится на зиму и весну, летом и осенью дожди идут редко. С октября по май в горах бывают жестокие бураны (температура может понижаться до -45 C, делая восхождения почти невозможнми), а на равнинах сильные песчаные бури приходятся на период с июня по октябрь. Эти ветры могут длиться по неделе и более, что следует обязательно учитывать при планировании путешествия.