Экваториальный, жаркий и постоянно влажный. Среднегодовая температура от +24 С до +28 C в разных районах, осадков выпадает до 2000 мм. в год, дождливых дней в году — до 160. На островах Биоко дождливый сезон продолжается с июля по январь, в то время как на материке ливней значительно меньше - максимум с апреля по май и с октября по декабрь. Относительно более сухие месяцы — май–сентябрь и декабрь–январь. На побережье острова Масиас-Нгема-Бийого, на нагорьях, среднегодовая температура ниже - до +18 C, а количество осадков увеличивается до 2500–4000 мм. в год. В высокогорьях еще холоднее.