Преимущественно субэкваториальный, жаркий и сезонно влажный. На северо-востоке — тропический пустынный и полупустынный. Впадина Афар — одно из самых жарких мест на Земле (средняя минимальная температура +25 C, максимальная +35 C), но на большей части нагорья за счет высоты, смягчающей жару, среднемесячные температуры находятся в пределах от +15 С до +26 C. В горах случаются ночные заморозки. При этом на побережьях самый жаркий месяц — май, самый холодный — январь, а в горах — наоборот: самый прохладный месяц июль, самые жаркие — декабрь и январь. Дожди выпадают в основном с июня по сентябрь, хотя бывает и "малый влажный сезон" в феврале–апреле. Сухой сезон длится с сентября по февраль. Среднегодовое количество осадков — от 200–500 мм. на равнинах до 1000–1500 мм. (даже до 2000 мм.) в горах центральных и юго-западных районов. Равнины часто страдают от жестоких засух, когда дождей нет почти круглый год.