Резко континентальный, сухой. Средние температуры января - от -18 С на севере до -3 C на юге, июля - +19 С на севере и +30 C на юге (может доходить до +40-47 С на солнце). Зимы очень холодные даже в пустыне, часто дуют сильные северные ветра, вызывающие бураны. Осадков на севере выпадает до 300 мм., в пустынях - менее 100 мм., в горах - до 1600 мм. в год. Снег часто выпадает в ноябре, и горные проходы закрываются до апреля. Летние дожди часто связаны с сильными грозами, которые иногда даже приводят к внезапным наводнениям.