В стране нет национального авиаперевозчика, поэтому все рейсы выполняются иностранными авиакомпаниями. В целом, Скопье нельзя назвать популярным направлением, перелеты сюда относительно дороги и чаще всего с пересадками. Из России в Скопье можно попасть только с пересадками в Стамбуле, Риме, или Франкфурте.