В настоящее время 17% территории страны имеет статус национального парка. Несмотря на экономические потрясения, народные парки Волкан-Масая, Саслая, резерват Апанас и другие, находятся под тщательной охраной правительства и заслуженно считаются лучшими в этом регионе мира. Биосферный заповедник Босавос - самый большая реликтовый тропический лес в Центральной Америке (730 тыс. гектар), причем расположен он всего в часе езды от столицы. Заповедники Мискитос и Индио-Маис охраняют естественную среду коралловых рифов, а также морских черепах и ламантинов. Заповедник Мирафлор имеет на своей территории целый набор природных комплексов - тропические саванны, сухие и дождевые леса (рядом!!), соленые лагуны и целый ряд археологических участков. А парки Хуан-Венадо и Падре-Рамос-Эстуари - одни из немногих в мире, охраняющие природу мангрового леса. Охраняемые территории созданы и на склонах вулканов Масая, Момбачо, Мадерас, Сан-Кристобаль и Косигуина.