В настоящее время на территории автономии нет железнодорожного сообщения, несмотря на наличие ряда железнодорожных линий. Вместе с тем, в начале ХХ века, при турках, пассажирские и грузовые поезда ходили из ныне израильской портовой Хайфы в Шхем (Наблус) через Дженин, а из Шхема линия вела в Тулькарм и далее в Нетанию. Другая линия вела из Бейрута в Каир через Газу. После образования Израиля в 1948 году, сообщение было прекращено, а имеющаяся железнодорожная инфраструктура пришла в упадок.