Несмотря на свои относительно слабые финансовые возможности, перуанское правительство проводит активную природоохранную политику. В Перу создано множество обширных заповедников и национальных парков, занимающих почти 7% её территории. Почти половина департамента Мадре-де-Диос (78 тыс. кв. км) занята национальными парками и резерватами, самыми значительными из которых считаются биосферный заповедник Ману и резерват Тамбопата-Кандамо, охраняющие массив уникальных "южных джунглей" с самой богатой флорой и фауной в мире. Самый молодой национальный парк страны - Бахуаха-Сононе (основан в 1996 г., считается национальным достоянием Перу) занимает обширную область тропического леса (1,5 млн гектаров) вблизи Тамбопата-Кандамо и вместе с национальным парком Маидиди образует природоохранную зону общей площадью более 50 тыс. кв. км.