В Узбекистане создано свыше 10 заповедников и около полутора десятков заказников и резерватов. Наиболее крупный и интересный из них - Чаткальский горно-лесной биосферный заповедник (356,8 кв. км), расположенный в западных отрогах Чаткальского хребта. Однако пристального внимания заслуживают и другие природоохранные зоны страны - Гиссарский (814,3 кв. км) и Зааминский (268,4 кв. км) горно-арчевые заповедники, расположенный в Каракалпакистане Бадай-Тугайский заповедник (охраняет равнинные тугайные леса, 64,6 кв. км), Кызылкумский (101,4 кв. км) и Зарафшанский (23,5 кв. км) долинно-тугайные заповедники, Нуратинский горный (177,5 кв. км), Сурханский горно-лесной (2136,9) и Китабский геологический заповедник (53,7 кв. км), а также национальные парки Зааминский, Угам-Чаткальский и Бостанлыкский.