Метро развито только в крупных городах, но зато охватывает и близлежащие населенные пункты, что выражается в разделении линий на зоны. Поезда ходят с интервалом 5 минут с 5.00 до 23.30-24.00. Система оплаты такая же, как и на железнодорожных линиях, но плата за проезд различная на разных маршрутах в зависимости от зоны - 120 JPY- 1500 JPY. Вагоны выкрашены в разные цвета в зависимости от линии и имеют особые места серого цвета ("silver seats") для стариков и инвалидов, которые лучше не занимать.